Bergianska trädgården har sitt ursprung i den trädgård vid namn Bergielund, som bröderna Bengt och Peter Jonas Bergius anlade mellan nuvarande Karlbergsvägen och Vasaparken i Stockholm i mitten av 1700-talet. Efter brödernas död donerades egendomen till Kungl. Vetenskapsakademien och Bergianska stiftelsen som bildades. Enligt testamentet skulle en föreståndare tillsättas i egenskap av professor. Olof Swartz kom att bli den förste Professor Bergianus. Vid sidan om denne fanns en arrendator av trädgården som drev skötsel och växtförsäljning.

Trädgården skulle tjäna som trädgårdsskola och hortikulturell försöksanläggning. Trädgården låg på samma ägor tills 1885 då man flyttade till det nuvarande läget vid Brunnsviken, på grund av att området skulle bebyggas enligt den nya stadsplanen. Vid tiden för flytten var Veit Wittrock Professor Bergianus. Hans visioner resulterade i den utformning och karakteristik som trädgården har än idag, med t.ex. de växtgeografiska områdena, systematiska kvarteren, Victoriahuset för jättenäckrosen Victoria, Victoriadammen och fjällen. Syftet var att skapa en botanisk trädgård efter vetenskapliga principer.

1900-talet i Bergianska trädgården kännetecknas av att flera viktiga byggnader byggs såsom Gamla orangeriet för tropiska växter (idag café och utställningar) och Institutionsbyggnaden för herbarium, personalens kontorsplatser och bibliotek. Det största avtrycket på 1900-talet är dock det praktfulla Edvard Andersons växthus som öppnade sina portar 1995. Här finns växter från områden med medelhavsklimat samt tropiska avdelningar.