Här följer några exempel på Bergianska trädgårdens miljöarbete:

• I växthusen används biologisk bekämpning när det finns nyttoorganismer som fungerar mot olika skadegörare, i övriga fall tillämpas integrerat växtskydd.
• Utomhus gödslas våra växter huvudsakligen med organiska gödselmedel i stället för mineralgödsel. Gräsytorna gödslas inte. Däremot fångar de upp en del av närsalterna som rör sig genom området. Vid klippning samlas gräsklippet upp och återförs som marktäckning/gödsling eller till kompost.
• Merparten av ogräsrenset komposteras och den bildade jorden används på nytt i trädgården.
• Grenar och grövre ris flisas och används sedan för marktäckning och jordförbättring i trädgården.
• Våtmarken som anlades 2009 i Bergianska trädgården fungerar som näringsfälla mot Brunnsviken (vattnet från omgivningen rinner ut i våtmarken där näringsämnen som bidrar till övergödning fångas upp  - innan det rinner ut i Brunnsviken).
• Vi återvinner plast, papper, metall, glas och batterier.
• Institutionsbyggnaden, Victoriahuset och Gamla orangeriet har bergvärme i stället för olja
• Edvard Andersons växthus värms upp med värmepumpar och biodiesel
• Caféet i Edvard Andersons växthus har KRAV- och Fairtrade-inriktning