De största odlingarna på Bergielund var för äpple, päron, potatis, krusbär, vinbär och de gav så pass mycket skörd att man sålde allt från bergamott, astrakanäpplen och plommon, till fina viner av krusbär, svarta och röda vinbär. År 1791 fanns inte mindre än 425 äppelträd, 282 plommonträd, 152 körsbärsträd och 33 päronträd. Det fanns bl.a. körsbärs- bigarrå-, plommon-, aprikos- äppel-, päron- och kvittenträd.
Rabarber odlades flitigt som medicinalväxt och torkad rabarberrot såldes vidare till apotek. Peter Jonas anses vara den första i Sverige som odlade rabarber för att äta. Trädgården hade även tobaksodlingar som gav tobak av mycket hög kvalité. Prydnadsträden på Bergielund bestod av bl.a. oxel, ask, rönn, poppelpil, lind, alm, bok och fem sibiriska ärtträd framför brödernas bostadshus. Endast en mycket begränsad yta täcktes av prydnadsväxter.
P.J. Bergius trädgårdsjournal
En viktig källa till kunskap om Bergielund är den trädgårdsjournal som P.J. Bergius förde under många år. Den omfattar cirka 600 handskrivna sidor och finns idag bland Bergianska stiftelsens böcker vid Stockholms universitetsbibiliotek, dock ej tillgänglig för allmänheten. I trädgårdsjournalen beskrivs noggrant, inte bara vad, utan även hur man odlade olika grödor. Man kan till exempel läsa om plommoninläggning, hur man konserverade äpplen, spenat och spritärter, om hur man förvarade smultron och jordgubbar. Där finns även väderleksobservationer, beskrivningar av trädgårdspersonalen och dess sysslor, m.m. Peter Jonas skrev även ner recept på äppelgelé, syltad vitkål, knäckebröd, mjuk fransk ost. Många av dessa hade han troligen fått från sina patienter vid sin klinik i nuvarande Gamla Stan.