Bergianska biblioteket är den förnäma samling med tusentals historiska och naturvetenskapliga böcker som bröderna Bengt och Peter Jonas Bergius förvärvade under sin levnadstid. Den äldsta litteraturen är från 1400-talet, men den övervägande delen är från 16- och 1700-talet. Här finns en stor mängd av de viktigaste botaniska verken från 15-, 16-, och 1700-talen av framstående vetenskapsmän som Linné, Trew, Catesby och Haller.
Bergianska biblioteket grundlades och vårdades av bankmannen och historikern Bengt Bergius som lät göra de mesta av inköpen. Litteratur tillfördes även av läkaren och botanisten Peter Jonas Bergius. Efter brödernas död testamenterades samlingen till Vetenskapsakademien som bildade den Bergianska stiftelsen år 1791. Idag är biblioteket av praktiska och säkerhetsmässiga skäl placerad på Stockholms universitetsbibliotek. Brödernas donation är en av de värdefullaste som Vetenskapsakademien erhållit.
Enligt testamentet skulle biblioteket få nyttjas av Bergianska stiftelsens professor (Professor Bergianus) och ingen litteratur få skingras från biblioteket, varken genom lån eller försäljning. Källorna vittnar om att biblioteket var mycket uppskattat av samtidens lärda.
Innehållet i boksamlingen bestämdes strikt av ämne framför sällsynthet, även om flera böcker var rariteter redan då. De största ämneskategorierna (i storleksordning) är: geografi och reseskildringar (med kartverk), medicin (med människans anatomi och fysiologi), botanik, zoologi, allmän naturvetenskap och allmänna tidskrifter, kemi och mineralogi samt ekonomi.