Efter Wittrocks bortgång 1914 tillträdde Robert Fries som professor Bergianus. Fries lät bygga det som idag kallas Gamla orangeriet (1926) som kom att användas för tropiska växter ända tills materialet flyttades till Edvard Andersons växthus som öppnade 1995. Under hans ledning uppfördes även Institutionsbyggnaden (1936) som fortfarande fungerar som trädgårdens kontorsbyggnad. Trädgården såg man till att försöka vidmakthålla enligt Wittrocks idé. En större skillnad var dock att försökslanden för den experimentella forskningen som Wittrock gjort minskade eller försvann, då ingen av de efterföljande professorerna Fries eller Florin bedrev sådan forskning.
Trädgården fortsatte att bestå av en botanisk del och en handelsträdgård, samt trädgårdsskola en bra bit in på 1900-talet. Under mitten av 1900-talet genomfördes dock stora förändringar i Bergianska trädgårdens organisation. Regeringen medgav avsteg från Bergii testamente som medförde att handelsavdelningen och trädgårdsskolan fick läggas ned. Den senare hade i praktiken redan blivit nedlagt. Handelsavdelningen var inte längre konkurrensmässig och trädgårdsskolan hade elevbrist till följd av de moderna utbildningar som uppkommit. Man beslutade även att Bergianska stiftelsen och botaniska trädgården skulle skiljas åt. Idag står Stockholms universitet för utomhusdelarna av den botaniska trädgården och Victoriahuset och Bergianska stiftelsen vid Kungl. Vetenskapsakademien för forskning och huvuddelen av Edvard Andersons växthus (som tillkom tack vare en donation till Bergianska stiftelsen). Stora delar av Bergianska trädgården är statligt byggnadsminne och förvaltas av Statens Fastighetsverk.
Victoriahuset
Victoriahuset stod klart år 1900. Det byggdes för att kunna odla och visa upp den fantastiska jättenäckrosen Victoria. Här visas även andra tropiska vattenväxter. Det är utformat för att på bästa sätt tillgodose jättenäckrosens krav på ljus, värme och utrymme. Huset är idag ett byggnadsminne och unikt i sitt slag, då liknande växthus på kontinenten av olika anledningar har försvunnit.
Edvard Andersons växthus
Edvard Anderson var grosshandlare i planglasbranschen och dessutom älskare av blomster från Medelhavsområdet. Han valde att testamentera sin förmögenhet till en vinterträdgård "där medelhavsklimatets och därmed jämförliga klimatområdens träd, buskar och örter" skulle frodas. Edvard Andersons växthus invigdes i juni 1995 och här inne blommar det ständigt.