Naturvetenskapens och forskningens ställning var internationellt stark och vetenskapsmän kommunicerade över stora avstånd, genom globala forskningsresor och genom publikationer som spreds över Europa. Så till exempel Charles Darwins hypotes om arternas utveckling genom evolution och naturligt urval och insikten att såväl växter som djur är uppbyggda av celler.
År 1791 hade Kungliga Vetenskapsakademien inrättat Bergianska stiftelsen för att bevara och driva trädgården vid Bergielund. I enlighet med Peter Jonas Bergius testamente inrättades också en professur i botanik för trädgårdens föreståndare, Professor Bergianus. Under den tid trädgården fanns på sin ursprungliga plats vid Karlberg avlöste fyra professorer varandra: Olof Swartz, trädgårdens första Professor Bergianus, Johan Emanuel Wikström, Nils Johan Andersson, och från 1879 Veit Brecher Wittrock. Den sistnämnde kom att bli den person som tog huvudansvaret för 1800-talets genomgripande förändring av trädgården - flytten till Haga-Frescati.
Flytten till Frescati
På 1870-talet var tillväxten i Stockholm så snabb att stadsfullmäktige ansåg det nödvändigt att upprätta en stadsplan i vilken platsen för gator och torg fastställdes. Detta kom att påverka Bergielund.
Enligt planen kom Bergielund att genomskäras av fyra gator. Kungliga Vetenskapsakademien, som då liksom nu var huvudman för Bergianska trädgården gick därför till kung Oscar II och ansökte 1882 om att få sälja Bergielund mot löfte om att få köpa en egendom som skulle lämpa sig för såväl trädgårdsskola som odling av intressanta svenska och utländska växter. Kungliga Vetenskapsakademien fick gehör för sin önskan och Akademiens sekreterare började tillsammanse med dåvarande Professor Bergianus, Veit Brecher Wittrock, att leta efter ett område som skulle passa som blivande hemvist för Bergianska stiftelsen.
Deras val föll på Haga-Frescati vid Brunnsvikens östra strand, en egendom om nära 32 hektar. Egendomen hörde till staten och lydde dessutom under Haga kungliga lustslott, varför både kungen och riksdagen måste godkänna köpet. Det gick nu vägen och det beslutades att tillträdet borde vara den 14 mars 1886 och köpeskillingen 230 000 kronor. Efter vissa omförhandlingar bestämdes att anläggningen skulle överlämnas 1 november 1885.