Initiativtagare till koppympning
Som läkare studerade Bergius främst smittsjukdomarnas uppkomst och spridning och gjorde sig känd som skicklig läkare både innanför och utanför landets gränser. Han var en av initiativtagarna till koppympning i huvudstaden och föreslog att man skulle upprätta lagar för att påskynda vaccinationen. Det var svårt att sprida ympningen p.g.a. att det fanns få läkare i landet och man ansåg att det kunde medföra risker om andra än läkare utförde ympningen. Folkets bristande förtroende för läkare utgjorde även en svårighet. Om kopporna skriver han t.ex. i sin doktorsavhandling De variolis curandis (1754), samt i andra skrifter senare.
Verk om tidens sjukdomar och läkare
Bland P.J. Bergius betydande arbeten i läkarevetenskapen återfinns Försök til de uti Sverige gångbara sjukdomarnas utrönande för år 1754, även år 1755 och 1756 som utfördes på Collegium medicums begäran. Dessa utgör början till en beskrivande svensk epidemiologi (vetenskaplig disciplin som sysslar med sjukdomars utbredning, orsaker och förlopp) och är idag medicinhistoriskt intressant material. Där beskrivs tidens sjukdomar utifrån hans egna observationer och insamlad information från landets provinsialläkare.
Ett annat för eftervärlden mycket värdefullt medicinhistoriskt verk av Bergius var Inträdes-tal om Stockholm för 200 år sedan, och Stockholm nu för tiden som hölls vid Kungliga Vetenskapsakademien den 20 augusti 1750. Det innehåller till största delen uppgifter om svenska läkare ända från Vasatiden och är en ovärderlig källskrift i detta område.
Materia medica - ett slags dåtidens FASS
Intressant både medicinhistoriskt och botaniskt är Bergius Materia medica (1778), ett verk i två band omfattande 571 beskrivningar av läkeväxter.
Här beskrivs växterna på latin enligt följande:
NAMN - citat av äldre böckers namn
FORMA - beskrivning av arten
PROPR. - karakteristik, egenskaper som lukt och smak
VIRTUS - medicinska och dietetiska egenskaper
USUS - användning
Plantae capenses, en tidig flora över Kapområdet
Av ett trettiotal botaniska arbeten är det mest betydande Plantae Capenses (Stockholm, 1767). Verket skildrar Kapområdets (i Sydafrika) flora och beskriver 14 nya växtsläkten och 130 nya arter som ännu inte var upptagna i Linnés system. Underlaget till boken kom från kompanidirektören Michael Grubb som försåg P. J. Bergius med kapväxter från resorna med Ostindiska kompaniet. En del av växterna finns fortfarande bevarade i Bergiusherbariet.
Källor: O. Hult, "P.J. Bergius och medicinen i Sverige"; SLå XIV, 1931; O. Swartz 1822 "Åminnestal över Petr.J. Bergius"